Koç Üniversitesi’nde hesaplamalı bilimler ve mühendislik alanında doktora programı, Fen Fakültesi ile Mühendislik Fakültesi tarafından disiplinlerarası bir programla sunulmaktadır. Bu programda doktora öğrencileri, bilimsel sorunları ve mühendislik problemlerini çözmek için modern hesaplamalı bilim teknikleri ve uygulamaları konusunda eğitim almaktadır. Yeni teknolojik sorunlar ve bunlarla bağlantılı olarak araştırmalarda karşılaşılacak güçlükler büyük oranda hesaplama modellemelerine ve sorun çözme yöntemlerine dayanmaktadır. Etkili ve düşük masraflı bilgisayarların erişilebilirliği sebebiyle, gerçek deneylerin masraflı ve imkânsız olduğu hallerde, modele dayalı hesaplama deneyleri günümüzde kompleks sistemlerin analizi ve tasarımına yönelik standart bir yaklaşım halini almıştır. Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik doktora programı mezunları, temel bilimler ve mühendislik alanlarında sınıf ve laboratuvar derslerinin birleştirilmesiyle harmanlanan bir deneyim neticesinde kazandıkları multidisipliner bilgiyi kullanarak hesaplama problemlerine çözümler üretebileceklerdir. Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik doktora programına biyoloji, kimya, fizik ve bu alanlarla bağlantılı mühendislik disiplinlerinde lisans diplomasına sahip kişiler başvurmalıdır.